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本书后半段的故事主要是主角寻找三圣之心的过程，他在这一部分要找伊瑞奥的原因，是因为伊瑞奥知道怎么进黑图书馆，而在抓走伊瑞奥，并离开后维托遭遇了伊瑞奥的“客户”
千疮之子的阿里曼，他与伊瑞奥达成了交易，他以庞大的代价从伊瑞奥手中买下黑图书馆中，据说可以将他的兄弟们，重新变回有意识状态的知识，阿里曼跳帮上船，要抓走伊瑞奥，但在此之前，维托为了掌握主动权，用最极端的方式，他利用莉莉丝埋在自己灵魂中的碎片，自己运用了色孽之力，吞噬了伊瑞奥的灵魂。
他得知了进入黑图书馆的方式，并且让阿里曼只能与自己合作，维托承诺帮助阿里曼，但前提是，他要帮自己先干一件事，打又打不过，别无选择阿里曼只能同意。
维托前往了科摩罗，协助玛勒丝策划一场针对维克特的政变，在此期间主角偶遇了可汗，他也来给暗精找茬所以相遇了，之后他们一起参与了科摩罗政变。
可汗带领白疤突然闯入，导致混乱，并让科兹用神瘟彻底杀死维克特，阿里曼也受到召唤前来，但令人意想不到的，马格努斯既然也一起来了，他们与可汗联手，杀光了血伶人协会的血伶人们。
马格努斯用自己的强大灵能彻底杀死了他们，让血伶人们无法复活，帮助维托完成了政变，但又被刺玛勒丝，导致她无法稳定局面，又因为没了血伶人，没人可以在复活，黑暗灵族之间的矛盾彻底爆发，陷入长时间的内战与混乱，从而无法威胁帝国。
主角后来会在维克特的宫殿里，找到前往黑图书馆的道路，并找到小丑，得知要得知三圣之心是什么，在黑图书馆中，主角遭遇了第二军团的基因原体，已死的哈里法斯，第二军团是波斯风格的军团，和千子差不多，崇尚知识，也导致他们触碰到了帝皇不允许的禁忌。
在这里，揭晓了第二军团被消灭的原因，哈里法斯在大远征期间获知了原体计划的真相，所有的原体都有这一部分亚空间的存在，就和书前半部分说的一样，这导致他们天然就极有可能被混沌污染，如雷霆战士一样，而帝皇知道，但还是创造了他们，并会在他们可能不可避免时空时杀了他们。
哈里法斯震惊不已，并发现帝皇为了掩盖这个谎言，杀死了所有喜马拉雅山基因实验室计划的成员，以及所有知道混沌秘密的永生者，除了维托，他想要将其真相告诉他的兄弟们，但却被帝皇发现，派遣黎曼鲁斯和维托将其杀死。
最终是维托砍下了他的头，两人见面意味深长，最终哈里法斯告诉了维托他的灵魂在死后，被小丑带走了具体原因，将其囚禁在了黑图书馆里，作为守护灵存在，小丑说是为了一场游戏，哈里法斯告诉了维托，要摧毁混沌并非不可能，在黑图书馆的漫长岁月中，哈里法斯发现了混沌虽然的能量体，但在漫长的信仰崇拜，以及神格化后，其实已经拥有了一个核心，也就是神格。
摧毁神格，就可以摧毁混沌诸神，虽然可能无法避免新的神明在漫长的岁月后诞生，但可以摧毁现在的这些，争取时间与和平。
带着这个重要的秘密，维托又得知，要找到三圣之心就必须去找伊莎，维托出来后后来与马格努斯长谈了一番，马格努斯表示，他要背叛奸奇，这没什么奇怪的，毕竟奸奇的信徒们嘛，不互相被刺还算奸奇信徒吗？
而不为维托所知的，在之前，小丑偷偷的找到了马格努斯，在科摩罗的废墟中告诉了他当年的真相，奸奇是如何利用他，以及现如今掌握了他一半灵魂，他从未获得过自由的命运，他自始至终，都是个玩偶。
这激怒了马格努斯，也让他下定决心，这一次，他会掌握自己的命运，无论是从帝皇手中，还是奸奇那儿，所以马格努斯与维托达成了秘密的盟约，而维托也如愿以偿的，帮助了阿里曼复苏了他的兄弟们，至此千疮之子加入元帅的队伍。
随后主角前往了纳垢魔域，与纳垢达成合作，后者不在进攻帝国并与主角缔结不情不愿的盟约，在此时刻主角离间了莫塔里安与纳垢的关系，随后在纳垢魔域的正中央，想办法开启了一扇通往其余三个神领域的大门，导致亚空间大混战。
主角将手中的神瘟子弹交给了莫塔里安，让他自己决定，是要真正掌握自己的命运，还是当一个提线木偶，无论是帝皇的还是纳垢的。
趁机救出了伊莎，并从她口中得知了三圣之心是古圣打造的圣器，其可以吸收与平衡实体宇宙，与亚空间之间的波涛，类似于中古大漩涡，它可以将帝皇的灵魂吸入其中，并囚禁于此不断地虚弱，禁锢住帝皇无法死去成神，并让主角有机会彻底击败他。
伊莎在告诉主角，要找到三圣之心的位置，首先要找到定位器后来就离开，前去统合如今破碎的方舟灵族，主角继续踏上冒险之旅，并在一系列的探险与走访后得知，定位器被珞珈拿着，随后主角计划前往珞珈处，夺来圣器。
在前往珞珈的星球时，主角找到了鸦王，并与他，可汗以及科兹一起攻入珞珈的神殿，在这里抢夺了定位器，珞珈与主角对战时遭到了艾瑞巴斯的被刺，他背叛了自己的原体，夺走了他的神格与力量，并献祭了他的全部怀言者兄弟，飞升成神。
在濒死前，珞珈回忆了自己的过去表示自己不后悔背叛帝皇，但他很后悔让维托走到如今的这般田地，最终，珞珈燃烧了最后的灵魂，开启了逃生的通道让大家逃走，鸦王也在这一刻原谅了珞珈。
鸦王表示，他已经再给子嗣们的信中写过，永不归还，他自愿留下牺牲，挡住了艾瑞巴斯并牺牲自己杀了艾瑞巴斯，于此，鸦王归回了他的黑夜，珞珈也终于迎来了真正平静。
离开珞珈的信仰之城后，维托发现定位器上的星图人类，甚至灵族都完全无法理解，他选择了求助天堂之战的最后遗民，太空死灵们，维托找到了塔拉辛，并与他一起前往了死灵议会，在那里使用璀璨星图来解析定位器，这项诞生自天堂之战的古老仪器，最终破解了三圣之心的位置。
但就在此时，死灵会议上突然早已离去多年的寂静王归来，他一直在旁听观察着银河的命运，三圣之心将有机会让太空死灵赢得这场千万年战争的最终胜利，实现太空死灵们的最终崛起。
寂静王打算抢走定位器，并与主角爆发了冲突，随后将维托囚禁，随后在塔拉辛的秘密帮助下逃离，但维托知道，逃走也没有意义，寂静王会为了夺走定位器而追杀他，这一次太空死灵的各个互相敌对的王朝会团结一心，在拥有统御协议的寂静王带领下，发动一场对帝国的庞大攻势。
而现在，帝国无法承受，并且为了准备后来面对帝皇，也不能在起战端，所以主角决定在这里彻底解决问题，他瞅准了统御协议，既然寂静王可以用它来控制死灵们，那自己也可以。
令人意想不到的是，塔拉辛决定帮助主角，他说自己与其期待一个被寂静王统治的死寂宇宙，盼望着一片根本没有希望的未来，与那些只剩下躯壳的同胞为伍，不如站在生者的这一边，再者说，他很期待他们未来上演的故事。
所以塔拉辛帮助主角，一起潜入了寂静王的王庭，在那里与寂静王爆发了决战，寂静王依靠星神之力与主角打的难解难分，最终，塔拉辛说服了在场的奥里坎，两人决定一同站在希望的这一边。
奥里坎设法将星神碎片融合在了一起，让重生的星神脱离了寂静王的掌握，星神期待了万年的，对自己背叛者的复仇者开始了，重新凝聚的星神与寂静王打做一团，并双双最终湮灭。
主角在塔拉辛与奥里坎的簇拥下，手持统御协议登上了死灵的王座，台下所有的死灵霸主与法皇向维托下跪臣服，由此，维托加冕成为“万王之王”所有霸王与法皇的统治者，死灵正式加入了维托的大军。
维托让塔拉辛与奥里坎准备最终的战争，随后便乘坐着寂静王的长船前往了系外黑暗，因为根据定位器的显示，三圣之心既然在系外。
维托驾驶着长船，与海伦一起深入了系外的黑暗，并在宇宙的最深处发现了三圣之心的所在地，一座巨大的人造星球，它周围围绕着一圈环带，但那不是钢铁或者任何物质，而是泰伦吞噬者组成的庞大环带。
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